Κατά το τέταρτο έτος της Εθνικής Παλιγγενεσίας, ο σουλτάνος Μαχμούτ βρισκόταν σε αδυναμία να καταστείλει την Επανάσταση και ζήτησε τη βοήθεια του υποτελούς του Μεχμέτ Αλή Πασά της Αιγύπτου. Το Μάρτιο του 1824 συνήφθη μεταξύ των δύο ανδρών συμφωνία, με την οποία ο Μεχμέτ Αλή δεχόταν να συμπράξει, υπό τον όρο να του παραχωρηθεί η Κρήτη, η Κύπρος και να διορισθεί ο θετός γιος του, Ιμπραήμ, διοικητής της Πελοποννήσου. Την ίδια ώρα, οι ελληνικές δυνάμεις, ευρισκόμενες στη δίνη του Εμφυλίου Πολέμου, είχαν φθαρεί και αποσυντονισθεί.
Οι Τουρκοαιγύπτιοι έδιδαν πρωταρχική σημασία στις κατά θάλασσα επιχειρήσεις, γιατί αν δεν καταστρεφόταν ο ελληνικός στόλος και δεν εξουδετερώνονταν οι ναυτικές βάσεις των Ελλήνων, δεν θα ήταν δυνατό να ευδοκιμήσουν οι κατά ξηρά προσπάθειές τους. Αποφασίσθηκε, λοιπόν, ο αιγυπτιακός στόλος υπό τον περιβόητο Χουσεΐν να προσβάλλει την Κάσο και ο τουρκικός υπό τον Χοσρέφ Πασά τα Ψαρά.
Τα Ψαρά, ένα μικρό νησί στα βορειοδυτικά της Χίου, είχε σπουδαία θαλασσινή παράδοση και ήταν η τρίτη ναυτική δύναμη της Ελλάδας, μετά την Ύδρα και τις Σπέτσες, με ονομαστούς πυρπολητές, όπως ο Παπανικολής, ο Κανάρης και ο Πιπίνος. Ο Χοσρέφ είχε εντολή από τον σουλτάνο να εξαφανίσει από προσώπου γης τα Ψαρά, που τόσα προβλήματα δημιουργούσαν στον δυσκίνητο τουρκικό στόλο.
Το πρωί της 20ης Ιουνίου ο τουρκικός στόλος απέπλευσε από το Σίγρι Μυτιλήνης με προορισμό τα Ψαρά. Απετελείτο από 176 πλοία (πολεμικά και φορτηγά) και 12 χιλιάδες άνδρες (τούρκους και τουρκαλβανούς). Η τουρκική αρμάδα έφθασε στον αβαθή ορμίσκο Κάναλος, στη βορειοδυτική πλευρά του νησιού, το απόγευμα της ίδιας μέρας. Τη στιγμή εκείνη, άρχισε μία εκ των πλέον δραματικών δοκιμασιών του Αγώνα της Ανεξαρτησίας. Έπειτα από ισχυρό κανιοβολισμό, οι Τούρκοι πέτυχαν την απόβαση των αγημάτων τους.
Οι κάτοικοι του νησιού ανέρχονταν σε 30.000, οι 7.000 ντόπιοι και οι υπόλοιποι πρόσφυγες από τη Χίο και τις ακτές της Μικράς Ασίας. Το υπερασπίζονταν 1.300 Ψαριανοί, 700 πάροικοι και 1027 μισθοφόροι από τη Μακεδονία και τη Θεσσαλία.
Οι μαχητές των Ψαρών υπέπεσαν σε ένα σοβαρό λάθος, καθώς αποφάσισαν να περιορισθεί ο αγώνας στην άμυνα της νήσου. Έτσι, έθεσαν σε απραξία τον στόλο και δεν χρησιμοποίησαν καθόλου τα πυρπολικά. Μάλιστα, αφαίρεσαν τα πηδάλια των πλοίων. Ακόμη, διασκόρπισαν τις δυνάμεις τους στην ξηρά και δεν έδιωξαν τα γυναικόπαιδα.
Οι αποβιβασθέντες Τούρκοι του Χοσρέφ κατέβαλαν με σχετική ευκολία τους αμυνομένους και μέσα σε δύο μέρες είχαν καταλάβει το νησί. Επακολούθησε η φοβερή καταστροφή. Το πλήθος έσπευσε να σωθεί στα λίγα πλοία, από τα οποία δεν είχαν αφαιρεθεί τα πηδάλια. Λίγοι τα κατέφεραν, καθώς ο στόλος του Χοσρέφ είχε περικυκλώσει το νησί.
Μόνη εστία αντίστασης παρέμεινε το Παλαιόκαστρο, η οχυρή θέση που δεσπόζει της Χώρας. Οι υπερασπιστές του, ανάμεσά τους και πολλά γυναικόπαιδα, αμύνθηκαν σθεναρά εναντίον 6.000 Τούρκων που τους πολιορκούσαν. Όταν η αμυντική γραμμή τους έσπασε και το φρούριο πλημμύρισε από Τούρκους, ο Αντώνιος Βρατσάνος έβαλε φωτιά στην πυριταδοποθήκη για να μην πέσουν στα χέρια των εισβολέων.
Η καταστροφή και η σφαγή που ακολούθησε υπήρξε τρομερή. Από τους 30.000 κατοίκους του νησιού, οι 18.000 θανατώθηκαν ή πωλήθηκαν ως σκλάβοι. Την εικόνα της καταστροφής δίνει με τον πιο παραστατικό τρόπο ο εθνικός ποιητής Διονύσιος Σολωμός στο περίφημο επίγραμμά του:
«Στων Ψαρών την ολόμαυρη ράχη
περπατώντας η Δόξα μονάχη
μελετά τα λαμπρά παλληκάρια
και στην κόμη στεφάνι φορεί
γινωμένο από λίγα χορτάρια
πούχαν μείνει στην έρημη γη»
Από τα περίπου 100 πλοία των Ψαριανών, μόνο 16 διασώθηκαν, καθώς και 7 πυρπολικά με τον Κανάρη. Όσοι από τους κατοίκους των Ψαρών γλίτωσαν από το γιαταγάνι των Οθωμανών εγκαταστάθηκαν στη Μονεμβασιά και μετά την απελευθέρωση στην Αρχαία Ερέτρια, που πήρε την ονομασία Νέα Ψαρά.
Η Καταστροφή των Ψαρών υπήρξε δεινό πλήγμα για την Επανάσταση. Χάθηκε μία από τις σημαντικές βάσεις του ελληνικού ναυτικού, ενώ διέτρεξαν άμεσο κίνδυνο οι υπόλοιποι. Η άμεση κινητοποίηση και η αντίδραση των υπόλοιπων δυνάμεων της μαχόμενης Ελλάδας έσωσε την κατάσταση.
Το ολοκαύτωμα των Ψαρών συγκλόνισε την επαναστατημένη Ελλάδα και ιδιαίτερα τα νησιά, που απειλούνταν πλέον άμεσα από τον οθωμανικό στόλο. Όμως, ο Χοσρέφ Πασάς, αντί να επιτεθεί στη Σάμο, όπως ήταν σχεδιασμένο, προτίμησε να επιστρέψει στη Λέσβο για να γιορτάσει το μπαϊράμι. Με πρωτοβουλία τότε του υδραίου Λάζαρου Κουντουριώτη συγκροτήθηκε στόλος υπό τους Σαχτούρη και Μιαούλη, προκειμένου να ανακαταλάβει το μαρτυρικό νησί και να εκδικηθεί τους Οθωμανούς για τη μεγάλη σφαγή.
Οι ναυτικές μοίρες των δύο ναυάρχων συναντήθηκαν στο ακρωτήρι Λιμνιονάρι των Ψαρών τα ξημερώματα της 3ης Ιουλίου 1824. Σε σύσκεψη, που ακολούθησε, αποφασίσθηκε να πραγματοποιηθεί άμεση απόβαση στο νησί. Το ελληνικό αποβατικό σώμα αριθμούσε 1500 άνδρες, ενώ τα Ψαρά υπερασπίζονταν 600 Τουρκαλβανοί. Οι Έλληνες κατέβαλαν δια περιπάτου τους υπερασπιστές του νησιού, οι περισσότεροι από τους οποίους κατέφυγαν στα τουρκικά πλοία, που ναυλοχούσαν στο λιμάνι των Ψαρών. Γύρω στους 150 δεν μπόρεσαν να φθάσουν στα πλοία και ταμπουρώθηκαν στα σπίτια των Ψαρών, προσπαθώντας να αποκρούσουν τους επιτιθέμενους Έλληνες, που είχαν καταλάβει όλες τις οχυρωματικές θέσεις, μεταξύ αυτών και το Παλαιόκαστρο.
Τα πληρώματα των 25 εχθρικών πλοίων, προσπάθησαν να αντιδράσουν, αλλά όταν πληροφορήθηκαν από τους πανικόβλητους τουρκαλβανούς, ότι οι έλληνες ήταν κύριοι σχεδόν όλου του νησιού, έλυσαν τους κάβους και προσπάθησαν να διαφύγουν στην Λέσβο. Ο Μιαούλης τους κατεδίωξε και στ' ανοιχτά της Χίου συνήφθη ναυμαχία, που κράτησε σχεδόν 5 ώρες, με νικηφόρο αποτέλεσμα για τους έλληνες. Μόνο 5 από τα 20 τουρκικά σκάφη έφθασαν σώα στον προορισμό τους, ενώ σύμφωνα με τις αναφορές του Μιαούλη οι απώλειές τους ξεπέρασαν τους 1000 άνδρες. Οι έλληνες είχαν μόνο ένα νεκρό και έξι τραυματίες.
Μετά τη νικηφόρα ναυμαχία, ο Μιαούλης και τα πλοία του επέστρεψαν στα Ψαρά. Αντί, όμως, οι ελληνικές δυνάμεις να φροντίσουν να διώξουν τους λίγους τουρκαλβανούς που παρέμειναν οχυρωμένοι στα σπίτια και να γίνουν κύριοι του νησιού, άρχισαν το πλιάτσικο. Ναύτες και πλοίαρχοι επιδόθηκαν σε αρπαγή κανονιών, τροφίμων και εμπορευμάτων, όσων είχαν απομείνει στο νησί, για να τα μεταφέρουν ο καθένας στα πλοία του. Τα περισσότερα κανόνια ήταν λάφυρα των Οθωμανών από την καταστροφή του ψαριανού στόλου, ενώ τα τρόφιμα και τα εμπορεύματα τα είχαν αρπάξει οι τουρκαλβανοί από τα σπίτια πλουσίων Ψαριανών, μετά το Ολοκαύτωμα.
Η διαταγή του ναυάρχου Μιαούλη να θεωρηθούν τα κανόνια περιουσία του ελληνικού κράτους δεν εκτελέσθηκε ποτέ. Η διαμάχη για τη μοιρασιά της λείας παρέλυσε την πειθαρχία του στόλου. Με επιστολή του στους προκρίτους της Ύδρας, στις 6 Ιουλίου, ο Μιαούλης διεκτραγωδούσε την κατάσταση: «…Σας αφήνω να στοχασθήτε οποία ακαταστασία, ασυμφωνία και ιδιοτέλεια βασιλεύει εις τον στόλο μας και αν εις τοιαύτην κατάστασιν ευρισκομένου του στόλου εμπορούμεν να βάλωμεν βάσιν και να ελπίζομεν εις αυτόν…».
Προφητική διαπίστωση, που θα επαληθευθεί μια μέρα αργότερα. Στις 7 Ιουλίου, η γολέτα του Τομπάζη, που έπλεε μεταξύ Χίου και Ψαρών, ειδοποίησε ότι μοίρα του οθωμανικού στόλου κατευθυνόταν προς τα Ψαρά. Ο Μιαούλης διέταξε τον στόλο να τεθεί σε πολεμική ετοιμότητα. Από τα 51 ελληνικά πλοία μόνο τα 14 πειθάρχησαν. Ο τουρκικός στόλος κατόρθωσε να επιβιβάσει ενισχύσεις στο νησί, που ενώθηκαν με τους ολίγους πολιορκούμενους τουρκαλβανούς. Στις 10 Ιουλίου 1824 ο Μιαούλης βλέποντας την κακή κατάσταση του στόλου έλυσε την πολιορκία και εγκατέλειψε την περιοχή με τα πλοία του. Κατέφυγε στο Σούνιο, όπου περίμενε διαταγές από την Ύδρα, ενώ τα υπόλοιπα ελληνικά πλοία κατευθύνθηκαν προς το Κάβο-Ντόρο.
Έτσι, η εκστρατεία του ελληνικού στόλου για την ανακατάληψη των Ψαρών δεν έφερε κανένα αποτέλεσμα, εκτός από την καταστροφή της τουρκικής ναυτικής μοίρας. Το νησί θα παραμείνει υπό οθωμανική κυριαρχία ως το 1912, οπότε θα ενσωματωθεί στον εθνικό κορμό κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων.
